论文在知网查重后会保留的原因主要是为了确保学术诚信，防止学术不端行为。知网作为学术领域的重要工具，通过查重可以帮助学术期刊、学术机构等保障学术论文的原创性和学术诚信，从而提高学术成果的质量和可信度。此外，查重后保留还可以为学术机构提供学术诚信调查的依据，对于发现学术不端行为起到一定的监督和约束作用。同时，保留查重结果也有利于学术机构对学术成果进行溯源和追溯，有助于建立学术成果的可追溯性和可信度。

另外，论文在知网查重后会保留的原因还包括对学术成果的版权保护和学术资源的管理。通过查重后保留，可以确保学术成果的知识产权得到保护，防止学术成果被盗用或侵权。同时，对查重结果进行保留还有利于学术资源的管理和积累，为学术研究提供数据支持和参考。综上所述，论文在知网查重后会保留的原因涉及学术诚信、学术监督、版权保护和学术资源管理等多方面因素，对于维护学术秩序和促进学术研究具有重要意义。